在黑臭水体治理中，有于水质污染负荷严重，水生动植物不宜存活，自然生态的治理黑臭水体就要依靠微生物来恢复水体自净能力。

微生态活水(HDP)直接净化工艺通过微生物的生命活动，以天然存在的微生物净化为核心，经过原位培育，结合流水不腐、曝气增氧等技术手段，增加微生物活性能力，对水中污染物进行转移、转化及降解，最大程度地恢复水体的自净能力，使水质得到净化。

黑臭水体中关于水体中的微生物主要4个来源。

（1）水体中固有的微生物

如荧光杆菌、产红色和产紫色的灵杆菌、不产色的好氧芽孢杆菌、产色和不产色的球菌、丝状硫细菌、球衣菌及铁细菌等，它们都是水体的土著微生物。

（2）来自底泥的微生物

雨水对地表的冲刷，会将土壤中的微生物带入水体。如枯草芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、氨化细菌、硝化细菌、硫化还原菌、蕈状芽孢杆菌、霉菌等。

枯草芽孢杆菌

（3）来自生产和生活的微生物

各种工业废水、生活污水和牲畜的排泄物夹带各种微生物进入水体。这些微生物有大肠杆菌、肠球菌、产气荚膜杆菌、各种腐生性细菌、厌氧梭状芽孢杆菌等，也包括一些病原微生物，如霍乱弧菌、伤寒杆菌、痢疾杆菌、立克次体、病毒、赤痢阿米巴等。

霍乱弧菌

（4）来自空气的微生物

雨雪降落时，会把空气中的微生物带入水体。初雨尘埃多，微生物含量也多，而初雨之后的降水微生物较少。雪花的表面积大，与尘埃接触面大，故其微生物含量要比雨水多。另外，空气中尘埃的沉降，也会直接把空气中的微生物带入水体。

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